Kada se govori o troškovima postupka medijacije, to se uglavnom odnosi na naknadu za usluge medijacije medijatora(ima) koji posreduje u dotičnom sporu ili predmetu. Administrativno uputstvo MD - br. 04/2021 definiše honorar posrednika kao određenu novčanu vrednost koju plaćaju stranke za usluge posredovanja u sporu ili predmetu i sporazum o medijaciji ili izveštaj za neuspešno posredovanje.

Naknadu za posredovanje u sporovima ili predmetima koje upućuju sud, tužilaštvo i organ uprave plaćaju stranke srazmerno ili po dogovoru u iznosu od četrdeset (40) evra za obavezno posredovanje u građanskim sporovima ili predmetima i krivičnim predmetima-povezano posredovanje. U slučaju da se ne postigne rešenje ili dogovor u obaveznom posredovanju u građanskim sporovima ili predmetima, naknada za usluge posrednika iznosi dvadeset (20) Eur. Naknada medijatora za druge građanske predmete (koji nisu u vezi sa obaveznom medijacijom) počinje od četrdeset (40) evra, ali ne prelazi sto (100) evra po sporu ili predmetu. Dok naknada medijatora za predmete koje pokrenu same stranke (samoinicijativno ili vansudsko posredovanje) zavisi od vrednosti spora ili predmeta, ona počinje od četrdeset (40) evra i ne može biti veći od sto pedeset (150) ili najviše šest stotina (600) evra.